Harry heeft geen leuke vakantie bij de Duffelingen. En het wordt nog erger, want tante Margot, de zus van oom Herman, komt logeren. Harry maakt een afspraak met oom Herman, dat hij zich zal gedragen, als oom Herman zijn toestemmingsformulier voor Zweinsveld ondertekent, zodat hij in bepaalde weekenden Zweinsveld mag bezoeken.
De week gaat goed tot de laatste avond. Dan beledigt tante Margot Harry en zijn ouders zo erg, dat Harry zijn geduld verliest en tante Margot betovert zodat ze als een ballon opzwelt. Hij vlucht het huis uit.
Als hij op de stoep zit, ziet hij in het donker een grote hond zitten. Hij valt om en plotseling is daar een paarse driedubbeldekker, de Collectebus voor de gestrande tovenaar. Die brengt hem naar de Lekke Ketel. Daar blijkt de minister van Toverkunst hem op te wachten en hij wordt niet gestraft voor het toveren buiten school. De rest van de vakantie blijft hij in de Lekke Ketel.
Zijn vrienden logeren daar de laatste dagen ook en meneer Wemel vertelt Harry, dat er een gevaarlijke aanhanger van Voldemort, Sirius Zwarts, is ontsnapt en dat die waarschijnlijk achter Harry aanzit.
De reis met de Zweinsteinexpres verloopt goed, totdat ze ineens stoppen. De trein wordt doorzocht of Zwarts aan boord is door Dementors, de gevangenisbewaarders van Azkaban. Als er één in hun coupé komt, valt Harry flauw. Als hij bijkomt, blijkt Remus Lupos, die ook in de coupé zat de Dementor weggejaagd te hebben. Hij geeft hun allemaal wat chocolade te eten, wat goed helpt. Hij blijkt later hun nieuwe professor Verweer tegen de Zwarte Kunsten te zijn. En de Dementors zullen Zweinstein bewaken totdat Zwarts gepakt is.
Hagrid is de nieuwe leraar voor Verzorging van Fabeldieren geworden en in hun eerste les krijgen ze de Hippogrief. Een beest met de kop, vleugels en voorpoten van een adelaar en lijf en achterpoten van een paard. Het is een trots dier, dat je niet moet beledigen. Met Draco en Scheurbek gaat het fout, omdat Draco hem beledigt. Draco raakt gewond en zijn vader begint een procedure tegen Scheurbek.
De Verweer tegen de Zwarte Kunstenlessen gaan heel goed en iedereen is blij eindelijk een goede leraar te hebben. Over de lessen Waarzeggerij zijn de meesten heel wat minder tevreden. Het liefste wat professor Zwamdrift doet, is het voorspellen van rampspoed en dan vooral voor Harry. Tijdens de eerste zwerkbalwedstrijd valt Harry van zijn bezem, omdat er veel Dementors bij het veld waren. Harry krijgt privé-lessen van Remus Lupos om Dementors af te weren.
Van Fred en George krijgt Harry de sluipwegwijzer, waarop hij alle personen en geheime gangen van Zweinstein zien kan. Hiermee kan hij toch naar Zweinsveld toe. Daar hoort hij in het café een aantal professoren praten over Sirius Zwarts. Hij was een vriend van zijn ouders en degene die hen verraden heeft aan Voldemort. Verder was hij ook Harry´s peetvader. Dit alles maakt Harry woedend.
Scheurbek verliest het proces en zal geëxecuteerd moeten worden. Harry en zijn vrienden gaan naar Hagrid om hem te troosten. Als ze teruglopen naar het kasteel, worden ze aangevallen door een grote hond en Ron wordt meegesleurd, een holte onder de beukwilg in. Harry en Hermelien gaan hem achterna. Ze komen in een tunnel die hen naar het Krijsende Krot voert. Daar aangekomen gaan ze naar boven en blijkt de hond veranderd te zijn in Sirius Zwarts. Hij is een faunaat. Even later komt Remus Lupos ook in het Krijsende Krot en hij blijkt een vriend van Sirius Zwarts. Dan leggen ze alles uit: niet Sirius Zwarts heeft de ouders van Harry verraden, maar Peter Pippeling, die daarna zijn eigen dood in scène had gezet. En Peter Pippeling heeft al die jaren gewoond bij de familie Wemel, als de rat Schurfie. Als ze die terug veranderen, vraagt hij om vergiffenis, maar Harry wil dat hij berecht wordt en dat Sirius onschuldig verklaard wordt. Dan gaan ze terug naar het kasteel. Maar eenmaal buitengekomen, blijkt de maan vol te zijn en Remus is een weerwolf. In de chaos vlucht Peter Pippeling en Sirius Zwarts wordt gevangen genomen om aan de Dementors uitgeleverd te worden.
Als Harry bijkomt in de ziekenzaal vertelt Hermelien over de tijdverdrijver, die ze heeft: hiermee reis je terug in de tijd. Ze had die om al haar extra lessen te kunnen volgen, maar nu kunnen ze die gebruiken om wat dingen recht te zetten.
Ze redden Scheurbek van de executie en vliegen later naar de kamer, waar Sirius gevangen gehouden wordt. Ze bevrijden hem en hij vlucht met Scheurbek.
Dan is het schooljaar weer voorbij. Griffoendor wint weer de afdelingsbeker, maar dit jaar ook de Zwerkbalcup, voor het eerst sinds jaren. Remus Lupos vertrekt echter, want ouders willen geen weerwolf als leraar.
Als ze terugrijden in de trein komt er een minuscuul uiltje post brengen aan Harry. Het is een briefje van Sirius met een toestemmingsformulier om Zweinsveld te mogen bezoeken. Het uiltje mag Ron hebben, omdat Sirius zich schuldig voelt voor het verlies van Ron´s huisdier.