Harry Potter is een zoon van een tovenaar en een heks, die strijden tegen een duistere tovenaar, die zich Lord Voldemort noemt, en zijn aanhangers.
Op een dag komt Voldemort naar hun huis en vermoordt hij eerst de vader. Dan wil hij Harry vermoorden, maar zijn moeder probeert hem te beschermen en wordt daarom ook vermoord. Dan richt hij zijn toverstok op Harry en spreekt de spreuk uit, maar er gebeurt iets wat hij niet verwacht. De spreuk kaatst terug op zichzelf en er blijft weinig meer dan een geest van hem over en hij vlucht. Harry houdt slechts een litteken in de vorm van een bliksemschicht op zijn voorhoofd over aan de spreuk.
De halfreus Hagrid redt Harry uit de puinhopen van hun huis en brengt hem op een vliegende motorfiets naar de oom en tante van Harry, waar Albus Perkamentus, een groot tovenaar, en Minerva Anderling, een heks, hem opwachten. Perkamentus legt Harry op de stoep van zijn familie met een brief, waarin hij alles uitlegt.
Harry groeit op bij zijn oom Herman, tante Petunia en neefje Dirk, maar hij heeft het er niet naar zijn zin, want hij wordt niet goed behandeld. Hij moet slapen in een bezemkast onder de trap en draagt de kleding, die van zijn neefje geweest is. Ook weet hij niks van zijn ouders, hij denkt dat ze bij een auto-ongeluk omgekomen zijn. Hij weet ook niet dat hij in de magische wereld bekend is als de jongen die bleef leven.
Tegen zijn elfde verjaardag beginnen er brieven voor hem (De Heer H. Potter, De Bezemkast onder de Trap, Ligusterlaan 4, Klein Zanikem, Surrey) te komen, maar hij mag ze niet lezen en ze worden vernietigd door zijn oom. Op een dag komen er zoveel, dat het gezin het huis ontvlucht en uiteindelijk belanden in een huisje op een eiland. ´s Nachts worden ze opgeschrikt door Hagrid, die Harry komt feliciteren met zijn 11e verjaardag en nog een brief meebrengt. Hij vertelt Harry dat hij een tovenaar is en dat hij naar Zweinsteins Hogeschool voor Hekserij en Hocus-Pocus gaat. Hij neemt Harry mee en ze gaan naar de Wegisweg om hun magische boodschappen te doen. Via de Lekke Ketel, een cafeetje, komen ze op de Wegisweg. Daar gaan ze eerst bij Goudgrijp de tovenaarsbank geld halen uit de kluis, waar de ouders van Harry heel wat hebben achtergelaten voor hem. Daarna moet hij gewaden, boeken, een toverstok en nog andere spullen kopen. Van Hagrid krijgt hij een witte sneeuwuil, Hedwig.
Op 1 september is vertrekt Harry naar school: vanaf perron 9¾ vertrekt de Zweinsteinexpres naar school. In de trein leert hij Ron Wemel en Hermelien Griffel kennen. Maar hij heeft er ook zijn eerste aanvaring met Draco Malfidus en zijn knechtjes Korzel en Kwast.
Eenmaal op school worden alle nieuwe leerlingen gesorteerd in hun afdeling door een oude hoed: de sorteerhoed. Harry, Ron en Hermelien worden bij Griffoendor ingedeeld en Draco, Korzel en Kwast bij Zwadderich. Zwadderich heeft de meeste duistere tovenaars voortgebracht van alle afdelingen, weet Ron te vertellen.
In de maanden die volgen, worden Harry en Ron goede vrienden, maar ze ergeren zich behoorlijk aan Hermelien Griffel, een heks met dreuzelouders, die een echte betweter blijkt te zijn. Ook leert Harry professor Sneep kennen, die een hekel aan hem lijkt te hebben.
Tijdens hun eerste vliegles komt Harry erachter, dat hij in vliegen een natuurtalent is en dat levert hem een plaats in het Zwerkbalteam van Griffoendor op, wat een eerstejaars nooit mag. Door een keer fout te lopen, komen ze op de verboden derde verdieping terecht. Daar komen ze oog in oog te staan met een grote driekoppige hond, die iets lijkt te bewaken.
Tijdens Halloween komen ze in een gevecht met een trol en daarna is Hermelien hun vriendin.
De eerste zwerkbalwedstrijd, die Harry speelt, loopt goed voor hem af: hij vangt de snaai en zo wint Griffoendor. En dat terwijl iemand zijn bezem behekste en ervan af probeerde te gooien.
Met kerstmis krijgt Harry een onverwacht cadeau: een onzichtbaarheidsmantel, die van zijn vader is geweest. Daarmee loopt hij ´s nachts door het kasteel. Hij komt in een ruimte, waar een spiegel staat, waarin hij zijn hele familie ziet. Perkamentus laat de spiegel verplaatsen, zodat Harry niet bij het verleden blijft hangen.
Ze zijn er inmiddels achter dat de driekoppige hond, Pluisje, van Hagrid is en dat hij de Steen der Wijzen bewaakt. Ze vermoeden dat iemand, ze denken professor Sneep, erop uit is die te pakken te krijgen.
Als op een dag Perkamentus weggeroepen blijkt te zijn, vermoeden ze dat de persoon het luik bij de hond door zal gaan. Ze besluiten er zelf ook door te gaan. Die nacht gaan Harry, Ron en Hermelien onder de onzichtbaarheidsmantel op weg. Ze weten langs Pluisje te komen en komen dan nog een aantal hindernissen tegen, die verschillende professoren hebben aangelegd. Na alle hindernissen, komt Harry in de laatste kamer. Daar treft hij professor Krinkel, niet Sneep, die bezeten blijkt te zijn van Voldemort. Maar hij kan de Steen niet vinden. Er staat alleen de spiegel, waarin Harry zijn familie zag. Harry kijkt mee in de spiegel en heeft plotseling de Steen. Als Krinkel hem van hem probeert af te pakken, blijkt dat hij Harry niet kan aanraken. Terwijl ze vechten, verliest Harry zijn bewustzijn.
In de ziekenzaal komt Harry bij en Perkamentus vertelt hem, dat Krinkel doodging, toen Voldemort zijn lichaam verliet en weer op de vlucht was. De Steen der Wijzen is vernietigd.
Later op het eindfeest blijkt dat Griffoendor de afdelingsbeker wint, door de punten die Harry en zijn vrienden hebben gekregen voor hun heldhaftig optreden.
Ze gaan weer met de Zweinsteinexpres terug naar Londen en dan is het vakantie, die Harry weer bij zijn familie door moet brengen.